Kualifikasi Moto3 di Assen pada hari Sabtu, 28 Juni 2025, diwarnai dengan kemacetan dan senggolan antar pembalap. Pada sesi Q1, sebagian besar pembalap gagal mencatatkan waktu putaran karena berbagai alasan. Namun, pada Q2, Red Bull KTM Ajo menunjukkan kepiawaian mereka. Jose Antonio Rueda dan Álvaro Carpe, rekan setim yang unggul, berhasil memoles waktu dengan 5 menit tersisa, memberi mereka keunggulan di baris depan. Di sesi kualifikasi kategori intermediate, di bawah cuaca dingin, Maximo Quiles dan Alvaro Carpe menjadi perhatian. Meskipun Carpe memimpin di awal, Quiles, Ruysei Yamanaka, dan Taiyo Furusato berhasil mengungguli waktu Carpe. Namun, hasil tersebut masih bisa ditingkatkan karena beberapa pembalap menggunakan ban baru. Kontroversi juga mewarnai sesi tersebut, dengan wheel-hopping yang dilakukan oleh hampir semua pembalap, menyebabkan banyak pembalap berhenti untuk mencari referensi terbaik dan membuang waktu yang berharga. Hasil akhirnya, Quiles menjadi yang tercepat, diikuti oleh Yamanaka, Furusato, dan Carpe.
Di akhir sesi, Alvaro Carpe berhasil meraih posisi pertama di Q2, sementara Jose Antonio Rueda berada di urutan kedua. Para pembalap lainnya berusaha memperbaiki waktu mereka di akhir, dengan beberapa mengalami peningkatan meski tidak cukup untuk mengalahkan Rueda dan Carpe. Hasil kualifikasi moto3 di Assen menempatkan Carpe, Rueda, dan Almansa di baris depan, diikuti oleh pembalap lainnya seperti Furusato, Yamanaka, dan Quiles. Sementara itu, hasil kualifikasi Moto3 Belanda juga menunjukkan persaingan ketat di Q1, dengan Quiles, Yamanaka, dan Furusato menempati posisi teratas, diikuti oleh Carpe dan Nepa. Dengan demikian, kualifikasi yang penuh tantangan dan perjuangan di Assen menghasilkan posisi start yang menarik untuk balapan.
