Guido Pini meraih pole pertamanya di kategori Moto3, sementara Barry Baltus juga meraih posisi terdepan di kategori Moto2. Pembalap Belgia ini berhasil mengalahkan Joe Roberts dengan selisih 0,020 detik untuk merebut posisi pole di Brno. Di sesi kualifikasi ini, tidak ada penantang gelar yang turut hadir. Manu Gonzalez, yang saat ini memimpin klasemen, akan memulai balapan dari posisi keempat di belakang Marcos Ramirez.
Aron Canet akan memulai balapan dari urutan ke-18 setelah terjatuh di sesi kualifikasi kedua, sedangkan Diogo Moreira berada di posisi terakhir dalam sesi kualifikasi pertama karena alasan yang sama. Pembalap asal Brasil ini akan memulai balapan dari pit lane karena pelanggaran masuk lintasan yang berbahaya di Sachsenring sebelumnya.
Sesi kualifikasi Moto2 berlangsung dalam kondisi cuaca yang cerah dan hangat, meskipun awan menutupi matahari di awal sesi kualifikasi pertama. Fase awal kualifikasi ini sangat penting, di mana para pembalap seperti Diogo Moreira, Daniel Holgado, David Alonso, Tony Arbolino, Deniz Oncu, atau Albert Arenas berjuang untuk lolos ke sesi kualifikasi kedua setelah hari Jumat yang basah.
Dalam sesi kualifikasi pertama, Daniel Holgado berhasil mencatatkan waktu tercepat, namun catatan waktu terbaiknya dibatalkan karena melewati batas lintasan. Kemudian, Barry Baltus, Arenas, dan Oncu berhasil melampaui Holgado. Namun, sial tidak berhenti bagi Moreira, yang terjatuh di awal sesi kualifikasi kedua hingga tidak bisa mencetak waktu. Sebagai peringkat ketiga dalam klasemen secara keseluruhan, Moreira harus memulai balapan dari posisi pit lane.
Sementara itu, di sesi kualifikasi kedua, Joe Roberts berhasil mencatatkan waktu tercepat, mengalahkan Baltus dengan selisih 0,014 detik. Baltus akhirnya mampu merebut pole position dengan catatan waktu 1:58,322, diikuti oleh Roberts, Marcos Ramirez, dan Manu Gonzalez. Para pembalap lainnya seperti Holgado, Senna Agius, Jake Dixon, dan lainnya juga berhasil mencatatkan waktu yang memadai. Celestino Vietti, Jorge Navarro, Albert Arenas, dan Aron Canet akan memulai balapan dari posisi belakang.
