Pada hari kedua tes pramusim MotoGP di Sepang, Joan Mir membawa Honda ke posisi teratas, sementara Yamaha absen dari sesi tes untuk menyelidiki masalah mesin. Waktu putaran mulai menurun dengan cepat begitu lintasan dibuka pada pukul 09.00 pagi, meskipun para pembalap berusaha menghemat alokasi ban lunak yang terbatas untuk hari terakhir tes. Kurang dari satu jam setelah sesi dimulai, Mir berhasil mengalahkan rekor Marc Marquez dari Selasa, naik ke posisi teratas di daftar waktu dengan catatan 1:56,874. Franco Morbidelli dari VR46 dan Fabio di Giannantonio juga berhasil menembus batas 1:57 tak lama setelahnya untuk menduduki posisi kedua dan ketiga dengan Ducati GP26. Pada sore hari, hujan singkat namun intens membuat lintasan terlalu basah untuk ban licin, menghentikan peningkatan lebih lanjut di papan waktu. Lap pagi Mir tetap menjadi yang tercepat sepanjang hari, diikuti oleh Morbidelli dan Di Giannantonio. Setelah gagal menyelesaikan serangan waktu pada Selasa, Pedro Acosta dari KTM diklasifikasikan keempat di daftar waktu, memimpin RC16 spesifikasi yang sama milik pembalap Tech3 Maverick Vinales.
Selain itu, Marco Bezzecchi finis di posisi keenam untuk Aprilia, dengan Raul Fernandez dan Ai Ogura tidak jauh di belakang di posisi ketujuh dan kedelapan. Francesco Bagnaia memimpin serangan Ducati pabrikan di posisi kedelapan, sementara Marquez finis di posisi ke-15. Alex Marquez menjadi pembalap pertama yang terjatuh pada Rabu, namun berhasil kembali ke lintasan pada sesi sore. Hanya 17 pembalap yang turun ke lintasan di Sepang, dengan Yamaha memutuskan untuk tidak ikut serta pada hari itu untuk menyelidiki masalah teknis. Yamaha akan memutuskan apakah akan kembali ke lintasan untuk hari terakhir pada Kamis pagi. Pabrikan ini telah mengembangkan mesin V4 baru untuk 2026 dalam upaya untuk membalikkan kesulitan yang mereka alami di MotoGP.
